十三世纪初，也就是元朝初年，藏传佛教传入蒙古地区，萨迦派和宁玛派先后占统治地位。十六世纪末至十七世纪初，在俺答汗等蒙古各部封建领主的积极倡导和支持下，藏传佛教格鲁派很快风靡内蒙古，乃至全蒙古地区，随后代替萨满教，成为大部分蒙古人信奉的宗教。
至十七世纪中页，清政府开始对藏传佛教进行大力扶植，内蒙古地区大规模兴建藏传佛教寺庙，寺庙规模在这一时期达到鼎盛。此后一直到清晚期，内蒙古地区藏传佛教才呈现出严重衰落的趋势，藏传佛教寺庙也逐渐没落。
五当召：内蒙古地区最大的藏传佛教格鲁派寺庙
早在努尔哈赤时期，统治者就对投奔后金的喇嘛在经济和政治上都给予特别优待，并把尊崇藏传佛教的政策用法律的形式固定下来。皇太极即位后继续推崇藏传佛教，以达到控制蒙古各部的政治目的。清朝统治者入关之后，对蒙古地区广泛传播的藏传佛教采取利用、扶植、推崇和鼓励的政策，并严格实行禁止和限制汉民移居蒙地的“蒙禁”政策，巩固对蒙古地区的统治。
在顺治、康熙、雍正、乾隆四朝，利用、扶植和鼓励藏传佛教的政策成为治理蒙、藏民族的基本国策，蒙古王公贵族和广大蒙民都笃信藏传佛教。实行僧侣等级制度，封赏名号、敕印，从法律上保障其特殊的宗教和政治地位；设立喇嘛旗，确认大喇嘛的封建特权。
康熙三十年（1691年），康熙皇帝在多伦诺尔会见内外蒙古各部，即著名的多伦诺尔会盟，标志着外喀尔喀蒙古各部接受清朝的统治。为取得外喀尔喀宗教领袖哲布尊丹巴呼图克图等外蒙古僧俗封建主对清朝的倾向心理，康熙三十年建汇宗寺，由哲布尊丹巴呼图克图主持设计、建造；康熙五十一年，汇宗寺竣工。汇宗寺的建造，开创了清政府直接在蒙古地区建造藏传寺庙的先例。
汇宗寺及多伦诺尔会盟纪念碑
汇宗寺各庙分布示意图（马瑞林 绘）
雍正年间，清廷又在汇宗寺边上建造了善因寺，雍正皇帝亲手御书“善因寺”寺额。善因寺是供清朝四大呼图克图之首章嘉居住的寺院。
善因寺
此后清政府为加强蒙古僧俗封建上层和普通民众对清朝政权的倾向心理， 不惜巨大人力、物力、财力，带头兴建规模宏大的藏传佛教寺庙，并以皇帝御赐寺名、匾额鼓励王公贵族和僧侣上层兴建寺庙。所以清代内蒙古地区比较著名的藏传佛教寺庙几乎都有清廷赐予的寺名。
乾隆手书“广觉寺”用蒙汉藏满四种文字做成匾额
内蒙古地区的藏传佛教寺庙多数建立于这个时期，有影响的呼图克图、活佛不断出现，各庙喇嘛人数最多时期也是以上四朝年间。据相关研究表明，至清朝中期，内蒙古地区藏传佛教寺庙约有1800多座，喇嘛人数约有15万人左右。
这些藏传佛教寺庙拥有大量的土地，包括牧场、耕地和城镇寺庙周围的地铺，喇嘛、沙毕纳尔及寺庙经济成为当地社会阶层和经济结构的重要组成部分。寺庙沙毕纳尔劳动产生的收入、寺庙财产的增值收入、各级政府拨给寺庙、呼图克图及喇嘛上层的经费和清廷给予的奉银、赏赐及各种佛事收入组成了寺庙丰厚的经济来源。
呼和浩特大召寺
道光、咸丰以后，清政府对蒙古的宗教政策由清早期的利用、扶持和鼓励逐渐转变为抑制大活佛系统，限制寺庙规模，规定喇嘛缺额。这种举措在很大程度上限制了清代蒙古寺庙经济形态中沙毕纳尔阶层的进一步膨胀，从而使寺庙失去了更多的农牧业生产收入。这些政策和现象的出现，影响了寺院的进一步发展。
实际上早在雍正年间，清政府就对蒙古地区寺庙的规模做出了具体规定，并且通过颁发度牒和札付等管理措施来防止喇嘛势力在蒙古地区的进一步蔓延和蒙古僧俗势力的相互勾结。
晚清以来，清政府国力衰微，尤其是蒙古地方政府财政危机尤为突出，各级政府对寺庙和喇嘛的经济支持力度明显下降，甚至无法支付原定额内的寺庙和喇嘛相关宗教经费开支。由于喇嘛的俸银经常未按规定支付，使这里的寺庙破败不堪，喇嘛生活十分困苦。
据记载，为了弥补本寺庙喇嘛们生活费的不足，这些寺庙往往从出租房屋、土地以及从所经营的运输业所取得的钱中抽出来一部分来补助他们，使这些喇嘛免于冻馁。可是他们的住房大都是很糟糕的。多伦诺尔的喇嘛们住的板升都是各个旗的财产，由于这些旗都不拿钱来修缮，围墙里的板升几乎全部处于半倒塌的状况，其中有不少甚至已不能住人。因此，原来住在里面的人都早已搬到蒙古包里去了，这些蒙古包搭在庙内一些单独的小院子里。
随着中国社会的半殖民地半封建化的加深，蒙古地区的社会经济也发生了重大变化。清政府实行的“蒙禁”政策开始改变，大规模放垦蒙旗土地，大量内地汉族农民涌入蒙古地区，寺院的土地和牧场也被开垦，使寺庙收入锐减，财政困难。
待修缮的善因寺
受汉族农耕文化影响较大的内蒙古地区，广大蒙民对藏传佛教的虔诚程度开始下降，甚至多伦诺尔、呼和浩特等地区出现了呼图克图圆寂后无人去寻找其转世者的现象。人们不再热衷于寻找活佛的转世者，活佛的存在似乎已失去了政治或经济上的号召力。汉人供奉的关公庙、老爷庙、娘娘庙等大量出现，也在某种意义上冲击了蒙民对藏传佛教的崇敬，使藏传佛教在内蒙古地区的社会功能和影响力逐渐下降。
清末，内蒙古藏传佛教寺庙从康熙、雍正、乾隆、嘉庆四朝的快速发展逐渐走向萧条、衰退的下坡路。这一时期建造或修建的寺庙很少，喇嘛人数也无法与清前期相比。民国年间，内蒙古地区藏传佛教寺庙进一步衰败，喇嘛人数持续减少的现象开始具有普遍性。土默特等农业区和半农半牧的东部盟旗，受农耕文化影响较深，寺院倾圮，喇嘛人数占总人口的比例明显减少，如下表：
上述情况同样出现在牧业区。据调查，1936年，伊盟郡王旗有召庙34处。除了“规模较大而为众所周知者约有十余处”外，“尚有21庙，惟皆破败，喇嘛亦逃，盖名存而实亡⋯⋯”。“达拉特旗召庙共有72处，惟大部分均已圮败，喇嘛亦逃，无足记述⋯⋯”比较大的只剩下十一个庙。而“喇嘛在召庙中之饮食，除有地位者外，召庙概不供给。念大经时每日虽有小米奶食之供给，然为日亦鲜，春秋二季，共不过数十日耳。故喇嘛生计除遇布施而外，则唯其父兄是赖也。”
由这段记载不难看出伊盟寺庙经济的困窘。在寺庙破败的同时，喇嘛人数也在减少。以下是伊盟部分规模较大的寺庙不同时期喇嘛人数变化情况，从中可以看出广慧寺、展旦召、乌审召等寺院喇嘛人数与清代相比所剩无几。
从清末到民国，藏传佛教普遍呈现出衰败景象。这种衰败有其深刻的政治、经济原因。近代中央政府对蒙政策的调整，对藏传佛教产生了深刻的影响。中央政府扶持力度的下降，各级政府财政拨款的减少，寺庙土地被开垦，蒙民被迫迁徙导致的贫困及信徒与寺庙的分离，寺庙和呼图克图、活佛的巨大开支与上层喇嘛的腐败等，使喇嘛人数持续减少，藏传佛教寺庙经济陷入贫困，宗教的崇高社会地位下降，藏传佛教寺庙逐渐走向衰落。
