乾隆四十四年（公元1779年）初，六世班禅洛桑巴丹益希大师在受到乾隆皇帝的多次邀请之后，从日喀则扎什伦布寺出发，开始了他的朝觐之旅。一年以后，班禅大师最终于乾隆四十五年（公元1780年）藏历七月二十二日抵达热河。九月二日，恭祝完乾隆70大寿的六世班禅大师从热河的须弥福寿庙（今河北承德扎什伦布寺）启程，前往都城北京。六世班禅到达北京后，曾在六皇子永瑢等的陪同下参观了圆明园、万寿山等皇家宫殿、园林，并前往各大寺院进香、传法。
然而，六世班禅大师在十月下旬就已出现了天花的一些症状。此后，班禅大师虽曾向二世嘉木样活佛表达过自己身体不适，却依然不误为僧众加持、授戒之事。直至二十九日，乾隆才得知班禅患了天花。乾隆不仅派御医前去，更于十一月初一亲往探视班禅大师。乾隆四十五年十一月初二日，六世班禅终因患天花，圆寂于北京西黄寺，终年四十三岁。
西黄寺为此前顺治帝为来京朝觐的五世达赖喇嘛所修建的驻锡之地。六世班禅圆寂后，乾隆于公元1782年建清净化城塔以纪念。此塔内安葬有六世班禅大师的衣冠。1983年，该寺被国务院列为全国重点佛教寺院。1987年9月，第十世班禅大师在此创建中国藏语系高级佛学院。
所谓天花，最初在两汉时期由域外传入中原。至清代，已出现了先进的预防方法——“人痘接种术”。康熙时期还有俄罗斯人到中国学习此法。此后，公元1796年英国人爱德华•琴纳（Edward Jenner）在此基础上发明了“牛痘接种术”。但当时的中国在天花的治疗方面却几乎束手无策，这也直接导致了六世班禅的不幸圆寂。
按照藏地的说法，在西藏流行的天花为传染率和致死率较低的白天花，而在炎热的汉地流传的黑天花则传染率和致死率都高得多。早在公元八世纪，藏地就已流行天花。据说当时远嫁吐蕃的金城公主就于公元739年死于天花。在五世达赖喇嘛时期，未曾患天花的五世班禅也因惧怕汉地天花等种种原因拒绝了康熙皇帝自公元1696年起的多次赴京邀请。六世班禅也由此成了历史上第一位赴京朝觐的班禅。
在六世班禅赴京前不久的公元1770年到1774年，天花在藏地曾大规模流行。当时，“人痘接种术”虽然在清廷的推动下普及到了蒙古王公贵族中，却并未传播至藏区。疫情在藏地传播时，六世班禅主要采取的是远离疫情等避疾措施。1770年起，班禅大师先后从拉萨辗转至扎什伦布寺、温贡寺，最后驻锡于香噶丹德庆饶杰寺。直至1774年末，才返回扎什伦布寺。
事实上，此后在班禅大师的朝觐路上，随行的三百余人中未出过痘的都去了气候适宜的阿拉善丹杰林寺种痘。为随从种痘的想法最初是由六世班禅在途径青海塔尔寺时提出来的，二世嘉木样活佛等人进行了具体方案的策划。清王室成员种痘一般都在年幼时期，成年人种痘则危险性更大。虽然这些人早已成年、且随行大臣出于安全考虑并不赞同，但为了避免大规模的瘟疫，这一种痘的想法还是付诸实施了。除了气候的关系，阿拉善王爷作为额驸，郡主出嫁时随行有御医大概也是班禅大师最终选择在阿拉善为随行人员种痘的原因。
然而，六世班禅大师自己并未种痘。也许是由于身份地位特殊，也许是出于危险性的考虑，又或许如大师的传记所说——在出发朝觐前大师已有转世的预感••••••我们已无从知晓。
