阿底峡大师入藏，在上部阿里等地住了3年。仲敦巴等人迎请阿底峡尊者时，最初遇到一个众人所不认识的人作向导。到一路口上那人说:“现在纳须发生乱事，我得去一下。”说后如卷起狂风般而去。后来仲尊者说:“那是白哈尔大神，若正确做教法事，他也是一位很好的护法神。”后来又迷路时，他们看到前面有一只鹿，跟着这只鹿，他们才找到正路。
仲敦巴尊者
到了阿里，阿底峡尊者也得到本尊度母的指示说:“你的有殊胜缘分的优婆塞伽（指仲敦巴居士）现在算起第4天上午来到，应当对他作准备。”阿底峡尊者将灌顶用的净瓶安置在枕边。果然在第4天，有一施主来迎请阿底峡尊者主仆。结果来人不是仲敦巴，尊者在途中一边走一边想，至尊观音圣母未必欺骗我吧？后来在一路口中和仲敦巴会面。在那里仲敦巴和阿底峡尊者像早已相识者那样，仲敦巴不和阿底峡尊者的侍从人等说话，直接去作阿底峡尊者的侍仆了。而且将当日所得宴份的酥油来供作夜间的明灯。尊者也给仲敦巴传授了灌顶，并接枕而住以便于谈论。
仲敦巴尊者
过了3日后，尊者主仆启程上道而来到季绒，在季绒驻锡。阿底峡尊者虽是意乐到阿波宗去，然因战事而未成行。仲敦巴在尊者前盛赞前藏拉萨和桑耶等寺庙，及有许多上千数的僧伽。尊者说道:“有这样多的梵行者，这在印度也少有，定有许多阿罗汉。”说后向前藏方向频频举手作礼。这样使仲敦巴鼓起了勇气及时请求尊者前往前藏。
聂塘寺内阿底峡尊者亲手塑造的大日如来佛像
阿底峡在卫藏地区传教达9年之久(1045—1054)，在这期间他先后到过桑耶、叶尔巴、彭域、聂塘等地方和许多寺院，跟他学佛法的人很多，其中著名的有库敦·尊哲雍仲、俄勒巴喜饶和仲敦巴等人，而以仲敦巴追随阿底峡的时间最长。从1045年迎请阿底峡直至1054年阿底峡在聂塘圆寂，他一直在阿底峡跟前。在阿底峡诸弟子中，以仲敦巴年岁最长，所学最多，处于大师兄的地位。
热振寺
仲敦巴一生虽未受过比丘戒，但他持戒极严，佛法精深，传教极广，开创噶当派，胜过其他比丘僧，将一生奉献给了弘扬佛法的事业。噶当派就是以热振寺为根本寺院，由仲敦巴传承阿底峡的教旨而逐步发展起来的。
