大昭寺壁画上自显的文殊之眼

       第一世嘉木样大师在拉萨大昭寺向壁画上的文殊像献哈达时，佛像伸手接住哈达并且向他微笑，因此第一世嘉木样大师被大家称作嘉木样协巴（即文殊笑之意）。某次，第二世嘉木样大师在拉萨大昭寺朝拜，他向文殊科雍玛敬献哈达时，也出现了前世大师向壁画上的文殊像投敬哈达时相同的情景：即那条哈达不但没落地，反而侧搭在画像上，看上去就像一尊披着袈裟的佛一般。这是由大师的随从亲眼看到的奇观。二世嘉木样大师那年赴五台山礼佛时，他向文殊菩萨像敬献哈达，也被佛像所接纳。在拉卜楞寺举行的大经堂开光仪式刚降下帷幕后，他在经堂内殿一角向宗喀巴佛像投敬哈达，只见哈达飘落到剑柄和莲茎上。

罗家洞寺

       大师有次在罗家洞胜乐佛像前，举行胜乐曼荼罗会供仪轨，此间出现了跨度很大的彩虹，另一端伸向拉卜楞寺，当时要去辩经的僧侣们都曾看见。在神变祈祷法会上，也出现了彩虹悬空，花雨缤纷的场景。