宗喀巴大师住聂地东部之雅珍寺时，大师的常随弟子已增至30多人。有一天，师徒同往赞日山，朝拜圣迹，大师曾见胜乐轮和一切护法等圣相，证得无量甚深法义。回途经摩罗山时，又见弥勒菩萨现高大身，威德赫然，并告诉大师说:“善男子，你的功德如同诸佛示现在世间一样，将是无量众生的大依怙，你应当明白啊!”大师回到聂地东部，即住在僧格宗，专修时轮金刚圆满次第及其六种支分等法。没多久，就获得广大观察智慧，对于许多甚深微细的疑惑，有了决定性的见解；对时轮金刚一切密法，也明了无余无所紊乱。此外，更获得狮子般的无畏辩才。自此以后，时轮金刚即屡为现身，并称赞大师说:“你修时轮金刚所证的功德，如同月贤大王再来一样，极为难得。”这段期间，妙音天女也为大师授记说:“你的寿命只能活到57岁，所以应及时做些对自己和别人都有实际利益的广大事业。”大师问她说:“修尊胜佛母等法的仪轨，不就可以延长寿命了吗？”天女回答道：“一般人修这些密法是可以延长寿命的。但由于您过去世的愿力，和深深喜乐观慧力的缘故，所以修这些密法，只能成为增长你的智慧的因缘，对延长寿命恐怕没有实质的帮助。”文殊师利菩萨则劝大师说:“无论如何，今后你还是要专修对治留难的密法，虽然极为艰苦，但仍然是可以遮止的。”后来大师在54岁到58岁之间，遵照菩萨所嘱咐，专修对治寿难的密法，果然有了破除寿难的征兆。
大师住僧格宗时，又一再向文殊师利菩萨问些有关道的体相、次第、数量等甚深问题。菩萨回答说:“这些问题，你不必再时常问我，你只要用心详阅经论好好思维，不久就可完全通达。”1398年，大师自聂地到阿喀，住阿得公结山之拉顶寺。在此一年中，大师兼行自修、利他二种事业。此时由于大师念及从出离到现在，对于中观之要义以及月称论师和清辨论师两家见解的异同，虽数次抉择，但仍不太明白，无法获得究竟的决定。因此他决定继续遵照本尊所教，积极三事并修，对本尊殷勤祈愿，修本尊法；净除罪障，积集资粮；详细观察经论，勇猛精进。这样修习了一段时间。某天夜里，大师梦见龙树、提婆、佛护、月称和清辨等大论师，在辩论“自性是有是无”等义理甚深的问题。其中佛护论师身形显得特别高大，全身绀青色，手拿梵文《中论释》，放在大师的头顶上加持。第二天，大师详阅佛护论师造的中论释，很自然了悟龙树父子之正见枢要和所破的界限，因而遣除一切相执所缘，拨除一切增减妄计，于真实义获得究竟。同时，大师又明白月称应成派，是如何善巧成立胜义谛和世俗谛。并了悟一切法是由于缘起，所以是性空，由于是性空无自性，所以形成了微妙的缘起。亦即是以缘起妙有破有边的常见，以自性本空破无边的断见。并不是离开缘起因果，而有空性可得。心经上说:“色不异空，空不异色，色即是空，空即是色。”就是这个道理，大师在妄境消灭，实执遣除之后，就恒常住于空三摩地通达诸法如幻。因此，他对世尊油然生起不可动摇的信心，觉得世尊真是一位无上大师。于是作一篇《缘起赞》，称赞世尊所说的甚深缘起法，是世间最稀有、最究竟之真理。
