在仓央加措尊者的主持下，扎嘎（即今甘肃省境内天祝藏族自治县石门沟）地方开始建造新寺（即石门寺）。因此前寺院被年羹尧所毁。当时扎嘎河边的庙址属私人地，便花了数百两银子买了下来。尊者在那块地上把殿堂、拉让、僧舍等各基址亲自规划妥当，又给各个殿堂，拉让、精舍取了名字。先盖起一些大小相当的石瓦房屋，收留了四处流浪的一些零散僧人约五百余人。但是当时只因这里的地方官权高势重，不许建寺。今天砌好的石屋，明日便责令拆毁；明天砌的，后天又拆了。真像古谚所说一样：“白日盖殿夜间摧，山上石头下平川。”
不久这位不信教法的官员离堡他行，代行执事是一位笃信佛法的汉官。尊者便备得良马数匹，白银数秤赠与此公，并且说明情由。此公言道：“我在此地大约住三个月，不知在这期间是否能把寺院建造起来，如果超过限期，旧长官仍旧回来摄职，我也要调离此处。他如何处理此事我就不得而知了。”因此，聚工匠建造大殿，所有汉藏人役不分昼夜地赶修。在殿内特为大皇帝陛下的福寿以及圣教、众生的利益建起了至尊弥勒佛的塑像，高约一层楼。旁边有马头明王、金刚手，八大佛子的神像。高度略胜人身，周围雕以岩山等景致，衬烘美化，绘彩镏金，安放藏物，一应事项无不完备。诸事停当之后即举行开光典礼。
正当名叫嘉玛莱的大殿刚刚建起，整个寺院也初具规模的时候，那位旧官员来了，他率领许多兵士，把弥勒殿上的瓦也揭下来扔掉了。尊者一见，双膝落地，脆到官员面前，把那千百种功德修来的高贵的头颅抵到地上，俯首礼拜，口放悲声，恳求至再，总算求得那汉官留下了佛殿，免遭拆毁。那一天，所有僧众一个个无限凄楚。说道:“若不是这位圣人如此关顾，驾临北方，那么我们的圣法和众生所负的重任真不知如何了却?”那个官员当天返回塞堡之后，即七窍流血，猝然死去。人们都说这是他担不起尊者跪拜的缘故。
