善慧法日《善说一切宗教源流及教义晶镜史》中说：“藏地所宏之苯教分为三派：（一）笃苯（二）洽苯（三）觉苯。”这三个派系的先后出现，也表明了苯教在西藏的演变过程。
　　（一）笃苯派　在聂赤赞普后六代的打赤赞普时，卫（前藏）翁雪纹地方，有一个叫汝辛的人，是一个苯教大巫师。他宣称能通鬼神，知道在什么地方有什么鬼怪精灵，并且精通祭祀、禳祓、遗送、役使鬼神的法术，能“上祀天神，下镇鬼怪，中兴人宅。”他把过去苯教的种种巫术加以总结，并设法把各地的苯教徒联系起来，形成了一个派别，叫笃苯教，又称苯教黑派，或因苯派。以后一段时间，此派大盛。他们之中就有人担任过“敦那钝”的职位，参与掌管政事。
　　（二）洽苯派　这是来自外地的苯教徒所开创的一个派别。相传志贡赞普被杀后，他的儿子布带公杰起兵镇压反叛，笃苯派受到很大的威胁，不能不错外来苯教徒的势力相助。于是便从克什米尔、勃律和香雄三地请来三位苯教巫师，从中调停苯教徒和赞普王室之间的矛盾，答应由苯教主持为志贡赞普举行隆重的葬礼，同时亦请赞普王室重新支持苯教。这三位外来的苯教巫师，带来了一套苯教的教义，结束了原来藏地苯教只重巫术没有宗教理论的历史。但因当时西藏无文字，这些教义只能口头流传。有的藏史资料中说，自布带公杰时期到吐蕃王朝建立以前，是苯教发展的第二阶段，指的就是洽苯派盛行的时期。
　　（三）觉苯派　这是佛教传入西藏后，苯教在同佛教作斗争的过程中，为了求自身的生存和发展而演变成的派别。所谓觉苯派，意思就是搞翻译的苯教派别。因佛教传入西藏带来了大量的佛教经典，而苯教当时尚无经书，不能同佛教抗衡，所以也开始搞起经书来，主要是翻译一些佛经，并把它改头换面，充认苯教的典籍。这一苯教流派又分为三个发展时期。前期觉苯派是一个叫青裙班智达的人创立的。他搞了一个“伏藏”即把一些翻译经典埋藏起来，伪称是古代苯教宝藏，后又由他本人挖掘出来公诸于世，借以抬高苯教的声望。中期觉苯派起自甲哇强曲。他本人先学佛法，后改信苯教，便将一部分佛经改为苯教经典，事情被发觉后，吐蕃赞普赤松德赞下令严禁，很多人受株连被杀。但仍有苯教徒将他译的经书私藏起来，作为伏藏，后挖出传世，称《本藏法》。后期觉苯派，兴于朗达玛灭佛以后。当时有个后藏地方人辛古鲁伽在前藏苯教圣地达域卓拉，将大量佛经改为苯经，如将《般若十万颂》改为《康勤》，《般若二万五千颂》改为《康穷》《瑜珈师地论》的《决择分》改为《苯经》、五部《大陀罗尼》改为《白、黑龙经》等等。他篡改佛经，别创名称，并加入许多苯教的说法，使其融合为一套较完备的苯教经典。后来也搞了伏藏，以便于流传。这三期的觉苯派，又称为苯教“白派”，或“果苯派”。
　　佛教传入西藏后，苯教同佛教曾经进行过长期的斗争，在斗争过程中苯教虽然不断地变换斗争策略和手法，但终因其教义不能适应奴隶主阶级的需要，渐渐失去统治者的支持，又敌不过佛教庞大精密的唯心主义思想体系，退出西藏的政治舞台，演变为一种民间信仰，在西藏偏僻地区流传。到解放前夕，西藏各地苯教大小寺庙有三十多个，信仰苯教的仍有几万人。