巴·赛囊自幼受到良好的培育，才识过人，早年即侍奉在吐蕃赞普赤松德赞身边，颇受青睐。他崇信佛教理论，认为在吐蕃地方只有依靠佛教，才能利益众生，维护赞普的统治。因此，他和一些信佛大臣尽力说服赞普，要在吐蕃大兴佛教。赤松德赞派巴·赛囊等人前往当时盛行佛教的中原地区取经。巴·赛囊重任在肩，千里迢迢赶到长安，受到
但是，等到巴·赛囊等人回到吐蕃时，情况已有大的变化。吐蕃王朝内部崇佛与佞佛的大臣争斗激烈，强大的反佛势力使赞普亦无能为力。巴·赛囊不久便被排挤出逻些，贬到芒域(今济咙一带)担任地方官。但是，他仍不忘兴佛，利用任职的便利，在当地主持修建了两座寺庙，以表虔诚的崇佛之心。巴·赛囊的举动使反佛势力更为不满，于是不断施加压力，逼迫赞普撤掉他的官职。巴·赛囊丢官后，对佛教的敬信有增无减，仍前往天竺大菩提寺和那烂陀寺朝拜圣迹。在尼婆罗，他遇到了著名佛学大师寂护。在他的一再请求下，寂护大师答应，如果得到赤松德赞的邀请，他可以前往吐蕃弘扬佛教。巴·赛囊旋即返回逻些，向赞普面陈与寂护大师的会面。赤松德赞听后，经过深思熟虑并征求亲信大臣的意见，设计将代表苯教势力、极力反对佛教的大臣马尚仲巴结活埋，显赫一时的达札路恭亦被流放北方。
巴·赛囊在除掉崇佛障碍后，即奉命前往尼婆罗迎接寂护大师。寂护抵藏后，向赞普讲解佛教的道德规范和基础理论，如“十善”、“十二因缘”等。赞普对此感兴趣。不巧的是，寂护在吐蕃期间，正遇灾荒瘟疫，苯教徒遂嫁祸于他，赤松德赞不得不把他送回尼婆罗。临别时，他举荐了另一高僧莲花生。巴·赛囊再一次奉命前往邀请。莲花生以咒术见长，来吐蕃路上，一路与苯教徒斗法，连获胜利，直至桑耶附近。赞普遂率臣民亲往迎接。不久，寂护也再次应邀赴吐蕃，至此佛教势力大长。
巴·赛囊随后即从天竺高僧寂护大师出家，成为首批被剃度的藏僧之一，取法名巴·意希旺波，开始了他的佛学生涯。他脑子灵活。学习刻苦，深为赞普赏识。后来，寂护大师圆寂，赤松德赞即任命他为堪布，并赐其大金字告身，特许他参加吐蕃王朝的小御前会议，地位高于其他大臣，足见赞普对他的恩宠。
当时，僧人的生活来源主要是靠赞普府库供给，但数量不定。赤松德赞每每虑及此事，即感不安，尤恐自己故去，僧人无法生活。他召见巴·赛囊，谈及想给寺庙300民户、每个僧人7户百姓的供养，但巴·赛囊自有见地，他婉转地对赞普说，此事与赞普奖子功臣900户百姓相比较，一点也不多。可是今后要遇到天灾人祸，恐不能保证这样的供给数量。所以，从长计议，还是实际些，给寺庙属民200户，每一僧人属民3户较为合适。赞普遂依其意而行，总计赐给桑耶寺和305名僧人寺属奴户1065户(按每户4口计算，总计4260人)。赤松德赞和巴·赛囊此举对藏传佛教的发展颇有影响。
佛教在吐蕃传播后，这里聚集了中原地区乃至天竺的大批僧人，佛教内部的纷争也随之而起。当时，汉地佛教的顿门派和天竺大乘佛教的渐门派之间矛盾日趋明朗，争辩尤为激烈。赤松德赞对佛理知之甚少，不好轻易表态。巴·赛囊是热心于天竺渐门派的，一气之下，跑到吐蕃南部去坐静。两派互不相让，斗争达到白热化程度，赞普再难等闲视之，不得不下决心请出他在佛教事务上的谋臣，先后三次派人劝巴·赛囊回逻些，但都被婉言谢绝。赞普无奈，下死命令让朗伦康巴务必请回巴·赛囊，完成任务可子大铜字告身，否则问斩。巴·赛囊再难拒绝，被迫返回逻些，他回来后，便向赤松德赞灌输寂护大师所传之渐门巴才是佛教正宗的思想，极力劝他派人到天竺迎请寂护大师的亲传弟子噶玛拉锡拉。巴·赛囊还就“顿渐之争”的实质等向赤松德赞作了详细的解释。赞普听后非常兴奋，即向巴·赛囊顶礼，并一再说：“巴·赛囊是我的轨范师。”噶玛拉锡拉被赤松德赞请到吐蕃后，赞普亲自主持召集天竺佛教(以噶玛拉锡拉为首)和汉地佛教(以摩诃衍为首)的僧人们在桑耶寺举行辩论。赞普事先说定，辩论中的败者必须离开吐蕃，否则严惩不贷。
巴·赛囊等人完全支持噶玛拉锡拉的观点。正是在他们的支持下，经过紧张激烈的辩论，摩诃衍等汉僧失败，被迫返回内地。
佛教虽然在吐蕃站住了脚，但它与苯教的斗争仍在进行。不久，噶玛拉锡拉被人刺死。巴·赛囊闻讯，恸心不已，几近昏绝，顿感心灰意懒，绝食而死。
巴·赛囊对前弘期佛教做出了较大贡献，在历史文学上也成绩卓著。有人考证，藏族古代历史名著《巴协》就是他所著。这本书自赞普赤德祖赞(704～755在位)兴佛说起，直到其子赤松德赞建成桑耶寺为止。增广本则写到阿底峡大师入吐蕃(1038年)时为止。是书对唐朝金城公主入吐蕃、桑耶寺修建等记载颇详。其记叙史实较翔实，成为后世藏族史学家写史的依据。
