15岁(1404年)，根敦主巴在纳塘寺(位今扎什伦布寺之西约30华里地方)出家为僧，从团柱凯珠为师，受沙弥戒。20岁受比丘戒，学《释量论》，住各寺，立宗德，望渐著。年25岁以后)，他便赴乌斯各地云游，从昌珠寺贡桑巴学习“因明”与“中论”。时宗喀巴在乌斯地方创立格鲁教派，根敦主巴偕师傅团柱凯珠往朝宗喀巴大师，请问因明论之疑难，并听讲了不少义论、中论疏、侍师五十颂疏等，深得大师的赞许，被纳为弟子。根敦主巴拜师后，于哲蚌寺继续聆宗喀巴讲菩提道论、那若六法、入中论、集密根本经等等。他是宗喀巴八大著名弟子中年龄最小，也是拜师最晚的一个。
明水乐十七年(1419年)，宗喀巴圆寂后，根敦主巴依第二任甘丹赤巴甲曹杰学显密二宗，自谓“关于显教从甲曹得益最大”。以后他相继随喜饶僧格(宗喀巴之弟子)、达玛仁钦等学经传法。明宣德七年(1432年)，甲曹杰圆寂，经甘丹寺僧共同磋商决定，迎请克珠杰(即后追认为一世班禅)为第3任甘丹赤巴，根敦主巴“复从克珠杰学多要法”。学有成就他返回后藏，“在降勤、打纳、日库等处讲经，门徒渐众。”
明正统十二年(1447年)。根敦主巴在得到帕竹地方政权所属之桑主孜(今日喀则)宗本穷结巴·班觉桑布的资助支持下，在当地修建了扎什伦布寺，根敦主巴做了该寺之主。扎什伦布寺是黄教在日喀则地区最大的寺院，它和拉萨哲蚌、甘丹、色拉三寺合称为黄教四大寺。该寺规模宏大，起初设立了修习显宗的3个扎仓，即吉康、妥桑林、夏孜，后来又增加了一个修习密宗的阿巴扎仓，僧众按后来的定额是3800人。明景泰元年(1450年)，甘丹寺僧聘请根敦主巴前往拉萨担任第4任甘丹寺赤巴宝座，考虑到自己建寺传教，扩大巩固黄教家业的神圣使命，他毅然谢绝了此职务，另外派遣了弟子前往继任。
明成化十年(1474年)，根敦主巴在扎什伦布寺圆寂，享年84岁。他一生在扎什伦布寺伊峙凡20余年，尽管他是该寺的建立者和寺主，但后来在建立达赖喇嘛转世系统时，被黄教上层集团追认为第一世达赖喇嘛。
根敦主巴著有《戒经疏》、《因缘集》、《释量论疏》、《量理庄严论》等书问行于世，其中《量理庄严论》至今仍为格鲁派必修的因明课本之一。法尊《西藏民族政敦史》线装本卷六、一页面。
