1975年10月，克珠群佩中学毕业后被分配到新建的山南地区师范学校教书，成为山南地区师范学校的首批教师，担任数学课教学任务。

1978年2月，克珠群佩考入华东师范大学中文系，成为粉碎"四人帮"后的第一批大学生。1982年毕业后因身体关系未能返回故里，被分配到位于古都咸阳的西藏民族学院，先后在预科和干训部担任繁重的汉语文教学工作。1986年，调到民族研究所，从事藏学研究和教学工作。1993年担任民族研究所副所长，1994年担任代理所长、党支部书纪、《西藏民族学院学报》副主编，同年破格晋升为副教授，1995年担任所长。同时担任过西藏民族学院学术委员会副主任委员、陕西省八届政协委员等职务，被评为西藏自治区中青年骨干教师、西藏自治区学术带头人。被聘为四川大学宗教学研究所教授。

在内地学习工作25年后，因归心似箭，于2003年2月终于返回故里，就职于西藏自治区文联，在民间文艺家协会从事"中国民间文化遗产抢救工程"的筹备工作。2004年5月又因工作需要调入《西藏文学》编辑部，现任《西藏文学》主编，藏学研究员。

克珠群佩1982年开始发表文学作品，曾发表藏汉文创作和翻译的中短篇小说等文学作品三十余篇，出版藏文中短篇小说集《命运的抉择》。汉文儿童动物寓言故事集《瞎猫捉活鼠》（共58个故事）等，与同学合写30余万字的汉文长篇小说《桑烟如梦》。汉文小说《星星，请别讥笑我》1985年获得了"五省区藏族文学创作"二等奖，被翻译成藏文，收入"当代藏文文学丛书"《江那边》集；藏文小说《归途》获《山南文艺》首届优秀作品评选会一等奖，两度被收为五省区藏语文高中教材，从1987年发表到2004年先后在西藏人民广播电台和中央人民广播电台藏语文艺节目中多次播出；藏文系列论文《浅论小说创作》被《章恰尔》全文转载，后被收入"当代藏族文学丛书"《文论汇集》。

克珠群佩曾参加"中国民间文学三套集成"西藏自治区和山南地区民歌、谚语的翻译工作，参译西藏自治区民歌、谚语，主译山南地区民歌、谚语，2000年全国艺术科学规划领导小组授予"在完成国家社科基金重大项目《中国谚语集成·西藏卷》编纂工作中取得显著成绩，颁发文艺集成志书编纂成果三等奖。"2002年西藏自治区党委宣传部、西藏自治区文联授予"在完成《中国民间文学三套集成·西藏卷》翻译、编审工作中取得显著成绩，特颁发民间文学集成优秀译审三等奖。"

克珠群佩在担任繁重的教学和行政工作的同时坚持科学研究工作，发表以藏传佛教为主的学术论文五十余篇，系统全面的论述了西藏佛教噶举派的印度、西藏传承以及西藏佛教噶举派各教派的历史，还深入研究论述"佛教止观修法"、"藏传佛教道次第"、"噶举派大手印那若六法"等藏传佛教的教义教法，在桑定多吉帕姆女活佛教派归属等方面发表了自己独到的见解，出版了《直贡法嗣》、《世界宗教警语宝库》等专译著多部。参加教育部"九五"项目《西藏佛教史》和教育部人文社会科学重点基地重大项目《中国西南地区少数民族宗教史》等课题，主编《西藏佛教史》（120万字）。目前正在翻译注释50万余字的《宁玛派教史》。